Download grátis do SimpleAgem 3.1
A arquitetura da plataforma AGEM consiste em módulos Perl que consultam e recuperam dados de uma base de dados MySQL. A linguagem R é usada para gerar mapas de calor e clusters hierárquicos. A plataforma AGEM também suporta JavaScript para exibição dinâmica da Web. Três módulos Perl organizam os dados em monitores tabulares com anotações e mapas de expressão. Esses resultados podem ser acessados por um navegador da web. Você também pode optar por usar os dados como um banco de dados para mais pesquisas.
A AGEM permite que os usuários consultem por gene ou estrutura anatômica. A saída pode ser vista como um mapa de expressão, matriz de correlação ou mapa de calor. AGEM também permite baixar dados de expressão de genes no formato de texto. Esse recurso pode ser especialmente útil se você precisar visualizar a expressão gênica em tempo real. Também é útil exibir dados de expressão gênica em larga escala e comparar tecidos diferentes. A AGEM é uma ferramenta poderosa para pesquisa computacional de biologia e bioinformática.
AGEM 3.1 é uma base de dados abrangente que combina dados de expressão gênica de vários organismos. O banco de dados contém dados de seis recursos de expressão do gene do mouse e três bancos de dados de expressão de genes humanos. Ele também contém dados de expressão gênica para mais de 1,4 milhão de pares de estrutura de genes em camundongos e humanos. Esta é a primeira base de dados que combina os resultados de dois métodos experimentais - microarrays e experimentos in situ. Está se tornando cada vez mais popular para a metanálise cruzada.